El Carménère tiene su origen en el norte de Aquitania. Antes de la plaga de la filoxera del siglo XIX en Europa, fue una de las variedades que originalmente se usaba para las mezclas en Burdeos, donde se la conoce desde hace siglos. Después de este episodio fatal, fue injertado con patrones americanos, pero su rendimiento se volvió errático. De ahí su marginación.

Nadie sabe cómo y cuándo exactamente llegó a Chile, pero la teoría más conocida dice que fue transportada desde Francia en el siglo XIX. Por décadas, las viñas chilenas pensaban que esta cepa era un clon de Merlot, que maduraba en forma tardía.

Esta situación cambió en 1994, cuando el ampelógrafo francés Jean Michel Boursiquot de la Universidad de Montpellier, expositor del Sexto Congreso Latinoamericano de Viticultura y Enología realizado en Chile, la identificó como Carménère. A partir de entonces, y bajo su nombre verdadero, irrumpió en el escenario vitivinícola de Chile.

Los exámenes de ADN muestran que el Carménère es un cruce entre cepas antiguas como Gros Cabernet (híbrida de Servadou y Txakoli) y Cabernet Franc.